Comme le dit très justement @masterpo , c’est un faux problème car au Japon les trains fonctionnent differemment qu’en Europe.
Ici on peut prendre un train / shinkansen même si toutes les places assises sont occupées (sauf certains trains dits “de tourisme”, très particuliers qui ne vous concerneront sans doute pas). Vous êtes donc sûrà 100% de pouvoir prendre le train que vous souhaitez.
Il y a bien sûr un risque de rester debout ou ne pas être à côté de votre femme mais il est quasi nul quand on ne voyage pas pendant trois périodes précises de l’années (nouvel an, Golden Week début mai et Obon mi août).
A noter que vous pouvez réserver des billets pour les wagons sans réservation. Cela coûte moins cher et apporte de la flexibilité car vous pouvez prendre le train que vous souhaitez, ou prendre le suivant si vous avez un contre-temps. Avec un billet place réservée vous devrez payer un surcoût pour changer votre billet.
A vous de voir.
Autre chose, s’il est possible de réserver ses billets en ligne, il faut quand même venir les retirer au guichet (automatique ou non). Cela n’apporte pas vraiment d’avantages pour un touriste qui loge souvent tout près des gares d’où le fait que c’est rarement mentionné.